为了弥补相贯线切割机切割过程中切割损失造成的尺寸差异，需要补偿几何尺寸。补偿分为软件补偿和数控系统补偿。它们的最终目的是偏离相贯线切割机的行走轨迹，使切割损失形成的尺寸完全一致。这可以很容易地通过套筒软件来解决。只要软件补偿输入编程参数（补偿半径），在生成数控代码时，几何尺寸根据内外轮廓自动偏移，指令偏移（左补偿、右补偿、关闭补偿三个指令）也可以在数控代码中实现，使数控系统可以根据补偿偏置方向继续补偿。如果软件补偿量为0，则不会产生补偿，但补偿指令仍然存在，可以通过数控系统进行补偿。
补偿时应注意以下几点：
1.设置软件补偿后，一般不需要在数控系统上进行补偿，否则重复补偿尺寸会出现偏差。但是，如果切割后软件补偿尺寸稍差，可以通过数控系统进行补偿。
2.如果补偿是通过数控系统进行的，补偿量应在软件中设置为零。
3.如果不确定应该补偿多少尺寸，可以在废物上切一个形状，用测量工具测量实际尺寸和编程尺寸，从而在套件软件和数控系统上进行切割补偿。
4.数控系统很难处理小县弧的补偿。如果弧小于补偿半径，则无法切割或正确补偿（理论上半径为负）。在这种情况下，应考虑修改零件图或使用软件进行补偿，以便及时发现问题。
